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doi：10.18129/b9.bioc.chippeakanno

从CHIP-SEQ，芯片芯片实验或任何实验中鉴定出的峰的批次注释导致大量染色体范围

生物导体版本：版本（3.5）

该软件包包括以检索峰周围序列，获得富集基因本体（GO）术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征（例如大多数保守元素以及用户提供的其他转录因子结合位点）的功能。从2.0.5开始，已经添加了新功能，以查找具有摘要统计数据（峰值nearbdp）的双向启动子的峰值，以汇总峰（SummarizepatterninInpeaks）中的基序的发生，并将其他IDS添加到带注释的峰或富集的峰（Addgeneids）（）。该软件包利用BiomArt，Iranges，BioStrings，BSGENOME，GO.DB，MULTETEST和STAT软件包。

作者：Lihua Julie Zhu，Jianhong OU，Jun Yu，Herve Pages，Claude Gazin，Nathan Lawson，Ryan Thompson，Simon Lin，David Lapointe和Michael Green

维护者：lihua julie zhu ，jianhong ou

安装

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文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，chipseq，，，，芯片，，，，软件
版本	3.10.2
在生物导体中	Bioc 2.5（R-2.10）（8年）
执照	GPL（> = 2）
依靠	R（> = 3.2），方法，网格，iranges（> = 2.5.27），生物弦，，，，基因组机（> = 1.23.16），S4VECTORS（> = 0.9.25），Venndiagram
进口	生物基因（> = 0.1.0），go.db，，，，Biomart，，，，BSGENOME，，，，GenomicFeatures，，，，GenomeInfodB，，，，矩阵，，，，AnnotationDbi，，，，林玛，，，，多检验，，，，rbgl，，，，图形，，，，Biocinstaller，统计区域人，，，，DBI，，，，Ensembldb，，，，生物酶，，，，seqinr，，，，IDR，，，，基因组签名，，，，延迟，，，，总结性特征，，，，rsamtools
链接
建议	Reactome.db，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.ce.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，ensdb.hsapiens.v75，，，，Ensdb.hsapiens.v79，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，GPLOTS，，，，生物使用，，，，rtracklayer，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，测试，，，，TrackViewer，，，，Motifstack，，，，有机体
系统要求
增强
URL
取决于我	redseq
进口我	atacseqqc，，，，dchiprep，，，，funcisnp，，，，Guideseq，，，，redseq
建议我	Onechannelgui，，，，R3CPET，，，，Ripseeker
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chippeakanno_3.10.2.2.tar.gz
Windows二进制	chippeakanno_3.10.2.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	chippeakanno_3.10.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chippeakanno
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/chippeakanno/
软件包下载报告	下载统计