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DOI:10.18129 / B9.bioc.ChAMP

甲基化芯片分析管道Illumina公司HumanMethylation450和史诗

Bioconductor版本:版本(3.5)

军售计划包括质量控制指标,选择归一化方法和新方法来识别差异甲基化区域和突出拷贝数变化。

作者:元田(cre, aut),蒂芙尼莫里斯(施),李·斯特灵(施),安德鲁2月[所有],安德鲁Teschendorff[所有],Ankur Chakravarthy(施)

维护人员:元田< champ450k gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

HTML	R脚本	冠军:芯片分析甲基化管道
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumber,DNAMethylation,MethylationArray,微阵列,归一化,软件,TwoChannel
版本	2.8.9
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3),minfi,ChAMPdata(> = 2.6.0),有限元法(> = 3.1),DMRcate,Illumina450ProbeVariants.db,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest
进口	股东价值分析,illuminaio,rmarkdown,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,limma,RPMM,DNAcopy,preprocessCore,嫁祸于,marray,西瓜,plyr,goseq,missMethyl,GenomicRanges,qvalue,isva,doParallel,bumphunter,quadprog,闪亮的,shinythemes,情节(> = 4.5.6),RColorBrewer,dendextend,matrixStats,combinat
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChAMP_2.8.9.tar.gz
Windows二进制	ChAMP_2.8.9.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChAMP_2.8.9.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChAMP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChAMP/
包下载报告	下载数据