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DOI:10.18129 / B9.bioc.CVE

癌症变异探险家

Bioconductor版本:Release (3.5)

精准肿瘤学中交互式变异优先排序的闪亮应用程序。CVE的输入文件是最近发布的Oncotator变体注释工具的输出文件，该工具总结了以变体为中心的信息，这些信息来自14个不同的与癌症研究相关的公开资源。CVE的交互优先排序是基于已知的种系和癌症变异、DNA修复基因和功能预测评分。CVE的一个可选特性是利用从公开的转录组数据生成的共表达模块来促进肿瘤特异性通路环境的探索。最后，利用药物基因相互作用数据库(DGIdb)评估优先排序变异的可药性。

作者:Andreas Mock [aut, cre]

维护者:Andreas Mock < Mock。在gmail.com科学>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("CVE")

文档

超文本标记语言	R脚本	Cancer Variant Explorer (CVE)教程
超文本标记语言	R脚本	用TCGA RNAseq数据进行加权基因共表达网络分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3),闪亮的，ConsensusClusterPlus，RColorBrewer，gplots，plyr，ggplot2，jsonlite，猿，WGCNA，RTCGAToolbox
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CVE_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CVE_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CVE_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CVE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CVE/
包下载报告	下载数据