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doi：10.18129/b9.bioc.cindex

染色体不稳定性指数

生物导体版本：版本（3.5）

Cindex软件包解决了高通量基因组分析的重要领域。它允许对Affymetrix SNP 6.0阵列或类似高吞吐量技术生成的实验DNA拷贝数数据进行自动处理和分析。它计算染色体不稳定性（CIN）指数，该指数允许定量表征全基因组DNA拷贝数的变化，以衡量染色体不稳定性。该软件包不仅可以计算总体基因组不稳定性，而且还计算出在染色体和细胞体水平上分别拷贝数和损失方面的不稳定性。

作者：Lei Song，Krithika Bhuvaneshwar，Yue Wang，Yuanjian Feng，Ie-Ming Shih，Subha Madhavan，Yuriy Gusev

维护者：yuriy gusev

安装

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文档

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Browsevignettes（“ Cindex”）

PDF	R脚本	Cindex教程
PDF	R脚本	准备Cindex的输入数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	库务，，，，遗传学，，，，基因组变量，，，，微阵列，，，，测序，，，，软件，，，，ACGH
版本	1.4.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（1。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.3），基因组机
进口	比特，，，，GPLOTS，grdevices，SOM，，，，dplyr，，，，栅格，，，，PNG，，，，Stringr，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，图形，统计，utils
链接
建议	尼特，，，，测试，，，，Reactomepa，，，，运行，，，，生物基因，，，，AnnotationHub，，，，rtracklayer，，，，pd.Genomewidenp.6，，，，org.hs.eg.db，，，，Biovizbase，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown， 方法，生物弦，，，，同性恋
系统要求
增强
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源包	cindex_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	cindex_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	cindex_1.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cindex
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/cindex/
软件包下载报告	下载统计