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DOI:10.18129 / B9.bioc.CATALYST

细胞仪数据分析工具

Bioconductor版本:Release (3.5)

大规模细胞术(CyTOF)使用重金属同位素而不是荧光标记作为报告者来标记抗体，从而大大减少了光谱重叠，并允许在单细胞水平上检查50多个参数。虽然CyTOF的光谱重叠明显不如流式细胞仪明显，但由于检测敏感性、同位素杂质和氧化物形成而产生的溢出效应会阻碍数据的可解释性。我们设计了CATALYST(流式细胞仪数据分析工具)，为流式细胞仪数据的预处理提供了一个管道，包括i)使用珠标准的归一化，ii)单细胞反褶积，以及iii)珠基补偿。

作者:Helena Lucia Crowell < Crowell at student.ethz。ch>， Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh。ch>， Vito Zanotelli < Vito。扎诺泰利在乌兹。ch>， Stphane Chevrier, Bernd Bodenmiller

维护者:Helena Lucia Crowell < Crowell at student.ethz.ch>

安装

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文档

超文本标记语言	R脚本	细胞术数据分析工具(CATALYST):用于细胞术数据预处理和分析的工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry，预处理，SingleCell，软件，StatisticalMethod
版本	1.1.1
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(0.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.4)
进口	flowCore，ggplot2，图形，grDevices，网格，gridExtra，matrixStats、方法、情节，RColorBrewer，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
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包档案

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源包	CATALYST_1.1.1.tar.gz
Windows二进制	CATALYST_1.1.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CATALYST_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CATALYST
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CATALYST/
软件包下载报告	下载数据