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DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEr

分析CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据，精确定位转录起始位点和启动子组挖掘

Bioconductor版本:Release (3.5)

CAGE测序数据的预处理，转录起始位点的鉴定和规范化，转录起始位点簇(启动子)的下游分析。

作者:Vanja Haberle < Vanja。Haberle在gmail.com>

维护者:Vanja Haberle < Vanja。Haberle在gmail.com>，Charles Plessy

安装

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文档

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PDF	R脚本	篮球选手
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，FunctionalGenomics，GeneExpression，归一化，预处理，测序，软件，转录，可视化
版本	1.18.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	， R (>= 2.15.0)，BSgenome
进口	跑龙套,Rsamtools，GenomicRanges(> = 1.23.16),IRanges(> = 2.5.27),data.table，beanplot，rtracklayer，耶鲁大学管理学院，VGAM
链接
建议	BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，FANTOM3and4CAGE
SystemRequirements
增强了	平行
URL
全靠我
进口我
建议我	seqPattern
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CAGEr_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	CAGEr_1.18.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CAGEr_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEr/
软件包下载报告	下载数据