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Baalchip
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doi：10.18129/b9.bioc.baalchip
Baalchip：癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析
生物导体版本：版本（3.5）
该软件包提供了处理多个CHIP-SEQ BAM文件并检测特定于等位基因的事件的功能。计算单个变体（SNP/SNV）的等位基因计数，实施QC的广泛步骤以删除有问题的变体，并利用贝叶斯框架来识别特定于统计学意义的特定于特定于统计学意义的事件。Baalchip能够说明两个等位基因之间的拷贝数差异，这是癌症样品的已知表型特征。
作者：Ines de Santiago，Wei Liu，Ke Yuan，Martin O'Reilly，Chandra Sr Chilamakuri，Bruce Ponder，Kerstin Meyer，Florian Markowetz
维护者：ins de santiago
引用（从r内，输入引用（“ Baalchip”））：
安装
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文档
| html | R脚本 | 使用Baalchip软件包分析Chip-Seq和Faire-seq数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 贝叶斯，，，，chipseq，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（1年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.3.1），基因组机，，，，iranges，，，，rsamtools |
| 进口 | 基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，多帕尔， 平行，多比，，，，RESHAPE2，，，，秤，，，，结尾，，，，foreach，，，，GGPLOT2，方法，utils，图形，统计 |
| 链接 | |
| 建议 | 运行，，，，生物基因，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | baalchip_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | baalchip_1.2.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | baalchip_1.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/baalchip |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/baalchip/ |
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