要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ https://www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ AnnotationHub”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

AnnotationHub

doi:10.18129/b9.bioc.annotationHub

客户访问AnnotationHub资源

生物导体版本:版本(3.5)

该软件包为生物导体AnnotationHub Web资源提供了一个客户端。AnnotationHub Web资源提供了一个中心位置,可以从标准位置(例如UCSC,Ensembl)中发现基因组文件(例如VCF,BED,假发)和其他资源。资源包括有关每个资源的元数据,例如文本描述,标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索到的本地文件缓存,并帮助快速且可重复可访问。

作者:Martin Morgan [CRE],Marc Carlson [CTB],Dan Tenenbaum [CTB],Sonali Arora [CTB]

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“ AnnotationHub”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ https://www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ AnnotationHub”)

文档

html R脚本 AnnotationHub:访问AnnotationHub Web服务
html R脚本 AnnotationHub:AnnotationHub如何进行
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,GUI,,,,基础设施,,,,软件,,,,第三派对人
版本 2.8.3
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(4。5年)
执照 艺术2.0
要看 生物基因(> = 0.15.10)
进口 utils,方法,grdevices,rsqlite,,,,Biocinstaller,,,,AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4VECTORS,,,,InteractiveSplayBase,,,,httr,,,,Yaml
链接
建议 iranges,,,,基因组机,,,,GenomeInfodB,,,,变体,,,,rsamtools,,,,rtracklayer,,,,生物使用,,,,尼特,,,,注释,,,,rbiopaxparser,,,,运行,,,,GenomicFeatures,,,,MSNBase,,,,MZR,,,,生物弦,,,,总结性特征,,,,实验室
系统要求
增强 AnnotationHubdata
URL
取决于我 AnnotationHubdata,,,,策划的元素元素,,,,实验室,,,,蛋白质组学杂志,,,,refnet
进口我 Alpinedata,,,,替代方案,,,,Annotatr,,,,Ensembldb,,,,GenomicsCores,,,,grasp2db,,,,Gwascat,,,,psichomics,,,,杂种,,,,REMP,,,,tsrchitect
建议我 Ahensdbs,,,,芝加哥,,,,Cindex,,,,clusterProfiler,,,,dnashaper,,,,杜普拉达尔,,,,Epinem,,,,基因组机,,,,Gosemsim,,,,MSNBase,,,,有机体,,,,PBase,,,,变体
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 AnnotationHub_2.8.3.tar.gz
Windows二进制 AnnotationHub_2.8.3.3.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) AnnotationHub_2.8.3.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotationHub
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/annotationhub/
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