要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ https://www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ AnnotationHub”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
生物导体版本:版本(3.5)
该软件包为生物导体AnnotationHub Web资源提供了一个客户端。AnnotationHub Web资源提供了一个中心位置,可以从标准位置(例如UCSC,Ensembl)中发现基因组文件(例如VCF,BED,假发)和其他资源。资源包括有关每个资源的元数据,例如文本描述,标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索到的本地文件缓存,并帮助快速且可重复可访问。
作者:Martin Morgan [CRE],Marc Carlson [CTB],Dan Tenenbaum [CTB],Sonali Arora [CTB]
维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>
引用(从r内,输入引用(“ AnnotationHub”)
):
要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ https://www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ AnnotationHub”)
html | R脚本 | AnnotationHub:访问AnnotationHub Web服务 |
html | R脚本 | AnnotationHub:AnnotationHub如何进行 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | DataImport,,,,GUI,,,,基础设施,,,,软件,,,,第三派对人 |
版本 | 2.8.3 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(4。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | 生物基因(> = 0.15.10) |
进口 | utils,方法,grdevices,rsqlite,,,,Biocinstaller,,,,AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4VECTORS,,,,InteractiveSplayBase,,,,httr,,,,Yaml |
链接 | |
建议 | iranges,,,,基因组机,,,,GenomeInfodB,,,,变体,,,,rsamtools,,,,rtracklayer,,,,生物使用,,,,尼特,,,,注释,,,,rbiopaxparser,,,,运行,,,,GenomicFeatures,,,,MSNBase,,,,MZR,,,,生物弦,,,,总结性特征,,,,实验室 |
系统要求 | |
增强 | AnnotationHubdata |
URL | |
取决于我 | AnnotationHubdata,,,,策划的元素元素,,,,实验室,,,,蛋白质组学杂志,,,,refnet |
进口我 | Alpinedata,,,,替代方案,,,,Annotatr,,,,Ensembldb,,,,GenomicsCores,,,,grasp2db,,,,Gwascat,,,,psichomics,,,,杂种,,,,REMP,,,,tsrchitect |
建议我 | Ahensdbs,,,,芝加哥,,,,Cindex,,,,clusterProfiler,,,,dnashaper,,,,杜普拉达尔,,,,Epinem,,,,基因组机,,,,Gosemsim,,,,MSNBase,,,,有机体,,,,PBase,,,,变体 |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | AnnotationHub_2.8.3.tar.gz |
Windows二进制 | AnnotationHub_2.8.3.3.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | AnnotationHub_2.8.3.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotationHub |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/annotationhub/ |
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