要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bsgenome . mmusculus . ucsc .mm9.mask”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked.
Bioconductor版本:3.4
musculus (Mouse)的完整基因组序列由UCSC提供(mm9, 2007年7月)并存储在Biostrings对象中。序列与BSgenome.Mmusculus.UCSC相同。mm9,除了它们每个上面都有以下4个掩码:(1)组装间隙掩码(AGAPS掩码),(2)contig内歧义掩码(AMB掩码),(3)RepeatMasker中的重复掩码(RM掩码),以及(4)Tandem repeats Finder中的重复掩码(TRF掩码)。默认情况下,只有AGAPS和AMB掩码是“活动的”。
作者:Bioconductor开发团队
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bsgenome . mmusculus . ucsc .mm9.mask”)
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,BSgenome,遗传学,Mus_musculus |
版本 | 1.3.99 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | BSgenome(> = 1.31.8),BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 |
进口 | BSgenome,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | r3Cseq |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked_1.3.99.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked/ |
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