### R代码从vignette源的GOusage。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:设置 ################################################### 库(Biobase)图书馆(“注释”)库(“xtable”)要求(“Rgraphviz”,悄悄地= TRUE)库(hgu95av2.db)库(“GO.db ") ################################################### ### 代码块2号:parentrel ################################################### GOTERM”去:0003700“GOMFPARENTS美元GOMFCHILDREN $“去:0003700:0003700 " ################################################### ### 代码块3号:locusid ################################################### ll1 = hgu95av2GO[[“39613 _at”]]的长度(ll1)酸式焦磷酸钠(ll1、功能(x) x美元本体 ) ################################################### ### 代码块4号:getmappings ################################################### getOntology (ll1,“英国石油公司”)getEvidence (ll1) zz = dropECode ll1 getEvidence (zz ) ################################################### ### 代码块5号:sizeofonts ################################################### zz =本体(GOTERM)表(unlist (zz )) ################################################### ### 代码块6号:isa-partof ################################################### BPisa = eapply (GOBPPARENTS、功能(x)名称(x))表(unlist (BPisa)) MFisa = eapply (GOMFPARENTS,函数(x)名称(x))表(unlist (MFisa)) CCisa = eapply (GOCCPARENTS,函数(x)名称(x))表(unlist (CCisa )) ################################################### ### 代码块7号:找到这些 ################################################### goterms = unlist(术语(GOTERM)) whmf = grep(“施肥”,goterms ) ################################################### ### 代码块8号:subsetGT ################################################### goterms [whmf ] ################################################### ### 代码块9号:getMF ################################################### affyGO = eapply (hgu95av2GO getOntology)表(酸式焦磷酸钠(affyGO、长度 )) ################################################### ### 代码块10号:getEvidence ################################################### affyEv = eapply (hgu95av2GO getEvidence)表(unlist (affyEv use.names = FALSE )) ################################################### ### 代码块11号:dropOneEvidence ################################################### test1 = eapply (hgu95av2GO dropECode c(“国际能源机构”、“NR))表(unlist(酸式焦磷酸钠(test1, getEvidence) use.names = FALSE))