1简介

ChemmineOB为OpelBabel c++项目实现的化学信息学功能子集提供了一个R接口(O 'Boyle, Morley, and Hutchison 2008;O 'Boyle et al. 2011)．OpenBabel是一个开源的化学信息学工具箱，包括结构格式转换、描述符计算、复合相似性搜索等实用程序。ChemineOB旨在从r中提供这些实用程序的子集。对于非开发人员，bob电竞体育官网ChemineOB主要用于哪里ChemmineR(Cao et al. 2008;Backman, Cao, and Girke 2011;Wang et al. 2013)作为一个附加包，而不是直接使用。

2安装

使用ChemmineOB包，OpenBabel 2.3.0或更高版本需要安装在系统上。在Linux系统上，编译还需要OpenBabel头文件ChemmineOB．windows发行版将包括它自己的OpenBabel版本。OpenBabel网站(http://openbabel.org/wiki/Get_Open_Babel)提供了在Mac或Linux系统上安装OpenBabel软件的优秀说明。的ChemmineR而且ChemmineOB包可以在R中使用biocLite安装脚本。

来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(c(“ChemmineR”，“ChemmineOB”)库(“ChemmineR”)库(“ChemmineOB”)

如果在Linux上安装失败，可能需要手动设置打开的babel库和头文件的位置。这最好通过配置标志来完成。例如，在命令提示符中do:

$ R CMD INSTALL——configure-args='——with-openbabel-include=…——with-openbabel-lib =…

其中'…'被相关路径替换。有关详细信息，请参阅README文件。

3.ChemmineR Vignette中的用户手册

详细使用说明ChemmineOB的小插图中提供的ChemmineR打包而不是这个文档。将文档整合到一个中心文档中，而不是分散到几个小部件中的主要原因是，它有助于最大限度地减少重复和不一致。它也是为用户提供面向任务的功能描述的更合适的格式。来获得支持的OpenBabel实用程序的概述ChemmineOB，我们建议咨询OpenBabel功能部份ChemmineR装饰图案。打开ChemmineR，可以使用下面的命令。

装饰图案(“ChemmineR”)

4SWIG接口(面向R开发人员)bob电竞体育官网

ChemmineOB现在包含了所有OpenBabel的包装器函数，由痛饮．我们仍然维护自己的函数集，以便更好地与R集成ChemmineR具体来说。

如果你熟悉开放通天塔API，使用SWIG包装器应该是类似的，一旦您了解了一些使用的约定。您可以查看此包中的R代码以查看这些示例。

• 使用与要构造的对象同名的函数创建新对象。所以与其

OBConversion *x = new OBConversion(…)

在R中，你会有:

x = OBConversion(…)

• 对象上的方法通过一个函数调用，该函数的名称是对象类型的名称与方法名称的连接，用下划线分隔。那么这个方法的第一个参数就是对象的实例。例如，不要:

x - >使用AddOption(…)

我们有:

OBConversion_AddOption (x,…)

• 如果你需要一个char*，你可以用stringp函数。类型可以访问char*指针投槽。该值可以从价值槽。例如:

result = stringp() OBDescriptor_GetStringValue(…stringValue = result$value()

• 各种类型的STL向量可以通过名为“vector{TYPE NAME}”的函数获得。例如，函数" vectorUnsignedInt "创建了一个无符号int类型的向量。你可以用“vectorUnsignedInt_size(vectorVariable)”来获取这个向量的大小。

然而，仍有许多特殊情况。的痛饮文档可以提供帮助，以及在R/ChemmineOB.R中浏览生成的R代码。

5版本信息

sessionInfo ()

R版本3.3.1(2016-06-21)平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)运行在Ubuntu 16.04.1 LTS下

locale: [1] LC_CTYPE=en_US。utf - 8LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8
[4] LC_COLLATE=C LC_MONETARY=en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。utf - 8
[7] LC_PAPER = en_US。utf - 8LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] lc_phone =C LC_MEASUREMENT=en_US。utf - 8 LC_IDENTIFICATION = C

附加的基本包:[1]统计图形grDevices utils数据集方法基础

其他附件:[1]ChemmineOB_1.12.0 BiocStyle_2.2.0

通过命名空间加载(且未附加):[1]Rcpp_0.12.7 codetools_0.2-15 digest_0.6.10 assertthat_0.1 formatr1.4
[6] magrittr_1.5 evaluate_0.10 stringi_1.1.2 zlibbioc_1.20.0 rmarkdown_1.1 .
[11] tools_3.3.1 string_1 .1.0 yaml_2.1.13 htmltools_0.3.5 knitr_1.14
[16] tibble_1.2

6资金

这个软件是由国家科学基金会资助开发的:abi - 0957099、2010-0520325和IGERT-0504249。