版本1.4.0变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -新特性添加脚本生成用户资源o makeEnsemblGtfToGRanges()不再在S3中存储数据,而是下载和转换农庄组织动态o EnsemblFastaTwoBitToAHM添加单元测试添加手册页获得makeEnsemblTwoBitToAHM和ensemblFastaToTwoBitFile o添加makeAnnotationHubMetadata()辅助修改o GSE62944-related代码移动到ExperimentHub o旧片段转移到本月/脚本;添加“AnnotationHubData概论”装饰图案o删除fasta和towbit文件动态o pushResources添加“uploadToS3”参数()和runRecipes () o移动readMetadataFromCsv从ExperimentHubData AnnotationHubData o()添加“文件名”arg readMetadataFromCsv ();时不要警告“标签”o为参数指定长度在readMetadataFromCsv提供()o makeAnnotationHubMetadata()填充PreparerClass与包名o“文件名”参数添加到makeAnnotationHubMetadata()版本1.2.0变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o makeEnsemblTwoBit添加新特性()o添加hubError (), hubError < o -泛型和方法创建“HubMetadata”类,“AnnotationHubMetadata”继承自修改o出口ensemblFastaToTwoBitFile () o修改httr变化::头():——AFAICT httr::头()> = 1.1.0只接受https,不是ftp——使用xml2而不是XML解析(httr > = 1.1.0依赖变化)o食谱:工作——清理ChEA和Gencode——不出口tracksToUpdate ();断了,不习惯——reorg手册页;结合运用Fasta和单身男人页面上TwoBit o工作updateResources():——把数据插入之前S3元数据在db -隔离pushResources()和pushMetadata从updateResources()()——注意:表观基因组单元测试失败是由于糟糕的url。如果没有固定的配方需要改变。o更新makedbSNPVCF()来查看新clinvar位置错误修复o修复BUG makedbSNPVCF()配方相关基因和标记版本1.0.0的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BUG修复o运用食谱发现gtf文件窗口。0.0.214版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -从以下新特性添加了阿vcf文件对人类基因组的构建“human_9606 / vcf / clinical_vcf_set”、“human_9606_b141_GRCh37p13 / vcf /”,“human_9606_b142_GRCh37p13 / vcf /”,“human_9606_b142_GRCh37p13 / vcf / clinical_vcf_set”o为每个基因组构建、可用的地方,下面的vcf all.vcf文件格式是可用的)。广州all_papu.vcf b)。广州common_all.vcf c)。广州clinvar.vcf d)。广州e) clinvar_papu f) common_and_clinical g) common_no_known_medical_impact o VCF文件类型的用户可以参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/docs/human_variation_vcf/格式