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此软件包适用于生物导体的3.4版；对于稳定的最新版本，请参阅Wavcluster。

PAR-CLIP数据中RNA蛋白相互作用位点的敏感且高度分辨的鉴定

生物导体版本：3.4

该软件包提供了用于分析PAR-CLIP数据的集成管道。首先，通过非参数混合模型将PAR-CLIP诱导的过渡与测序误差，SNP和其他非实验源区分开。然后在高分辨率下解决蛋白质结合位点（簇），并使用严格的贝叶斯框架估算簇统计。结果的后处理，UCSC基因组浏览器可视化和基序搜索分析的数据导出。此外，该软件包允许集成RNA-seq数据以估计群集检测的错误发现率。密钥函数支持并行多重点计算。注意：虽然WavCluster设计用于PAR-CLIP数据分析，但它可以应用于从诱导核苷酸取代的实验程序获得的其他NGS数据（例如Bisseq）。

作者：Federico Comoglio和Cem Sievers

维护者：gmail.com上的federico comoglio

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

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文档

html	R脚本	WAVCLUSTER：用于PAR-CLIP数据分析的工作流程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	贝叶斯，，，，Ripseq，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，技术
版本	2.8.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（2。5年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.2），基因组机（> = 1.23.16），rsamtools
进口	方法，生物基因，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges（> = 2.5.27），生物弦，，，，foreach，，，，GenomicFeatures，，，，GGPLOT2，，，，HMISC，，，，mclust，，，，rtracklayer，，，，seqinr，，，，Stringr，，，，WMTSA
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强	DOMC
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	wavcluster_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	wavcluster_2.8.0.zip
Mac OS X 10.9（Mavericks）	wavcluster_2.8.0.tgz
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/wavcluster/tree/release-3.4
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/wavcluster/
软件包下载报告	下载统计