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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见seqplots．

一种交互式工具，用于沿基因组特征使用平均图和热图可视化NGS信号和序列motif密度

Bioconductor版本:3.4

SeqPlots是一款用于绘制基于下一代测序(NGS)实验信号轨迹的工具，例如从ChIP-seq、RNA-seq和DNA可及性分析(如DNase-seq和MNase-seq)读取覆盖范围，覆盖用户指定的基因组特征，例如启动子、基因体等。它还可以计算参考基因组的序列基序密度谱。数据被可视化为平均信号剖面图，误差估计(标准误差和95%置信区间)显示为字段，或作为一系列热图，可以使用层次聚类、k-means算法和自组织图进行排序和聚类。绘图可以使用R编程语言或使用Shiny框架实现的基于web浏览器的图形用户界面(GUI)来准备。双重用途的实现允许在桌面本地运行软件或在服务器上部署软件。SeqPlots对于探索性数据分析和准备可复制的、发布质量的图都很有用。该软件的其他功能包括协作和数据共享功能，以及存储预计算结果矩阵的能力，结合了许多测序实验和具有多种不同功能的硅生成轨道。这些二进制文件可以进一步用于动态生成新的组合图，运行自动批处理操作或与同事共享，同事可以在不加载实际轨道和重新计算数值的情况下调整绘图参数。SeqPlots依赖于Bioconductor包，主要是rtracklayer用于数据输入，BSgenome包用于参考基因组序列和注释。

作者:Przemyslaw Stempor

维护者:Przemyslaw stemor

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
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PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.2.0)
进口	方法,IRanges，BSgenome，消化，rtracklayer，GenomicRanges，Biostrings，闪亮的(> = 0.13.0),DBI，RSQLite，plotrix，字段、网格kohonen平行,GenomeInfoDb，类，S4Vectors，ggplot2，reshape2，gridExtra，jsonlite，DT(> = 0.1.0),RColorBrewer
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/przemol/seqplots
BugReports	http://github.com/przemol/seqplots/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	seqplots_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	seqplots_1.12.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	seqplots_1.12.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/seqplots/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqplots/
软件包下载报告	下载数据