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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅segmentSeq。

方法从高通量测序数据识别小RNA基因座

Bioconductor版本:3.4

高通量测序技术允许生产大量的短序列,可以对齐到基因组创建一组匹配的基因组。通过寻找的基因组区域密度较高的匹配,我们可以推断出一个细分的基因组生物学意义的地区。这个包中的方法允许从多个样本同时分割数据,考虑到复制数据,以创建一个共识分割。这有明显的应用程序的类测序实验,特别是在发现小RNA基因座和小说mRNA转录组的发现。

作者:Thomas j . Hardcastle

维护人员:托马斯·Hardcastle < tjh48在cam.ac.uk >

安装

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文档

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browseVignettes (“segmentSeq”)

PDF	R脚本	segmentSeq:小RNA轨迹检测
PDF	R脚本	segmentsSeq:甲基化位点识别
PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐,DataImport,DifferentialExpression,MultipleComparison,质量控制,测序,软件
版本	2.8.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = tripwire)、方法baySeq(> = 1.99.0),S4Vectors平行,GenomicRanges,ShortRead
进口	Rsamtools,IRanges,GenomeInfoDb、图形grDevices跑龙套,abind
链接
建议	BiocStyle,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	segmentSeq_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	segmentSeq_2.8.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	segmentSeq_2.8.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/segmentseq/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/segmentSeq/
包下载报告	下载数据