要安装这个包,启动R并输入:
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在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见食物.
Bioconductor版本:3.4
实现各种单细胞RNA-seq数据的低级分析。方法提供了标准化的细胞特异性偏差,细胞周期阶段的分配,并检测高变量和显著相关的基因。
作者:Aaron Lun [aut, cre], Karsten Bach [aut], Jong Kyoung Kim [ctb], Antonio Scialdone [ctb]
维护者:Aaron Lun
引文(从R内,输入引用(“残渣”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“scran”)
超文本标记语言 | R脚本 | 使用scran对单细胞RNA-seq数据进行基本分析 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneExpression,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组 |
版本 | 1.2.2 |
在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(1年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.3.0),BiocParallel,嘘 |
进口 | dynamicTreeCut,动物园,刨边机统计数据,BiocGenerics、方法、Biobase跑龙套,矩阵,闪亮的,图形,grDevices,statmod |
链接 | |
建议 | limSolve,limma,testthat,knitr,BiocStyle,org.Mm.eg.db,DESeq2,单片眼镜,S4Vectors,ggplot2 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | SIMLR |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | scran_1.2.2.tar.gz |
Windows二进制 | scran_1.2.2.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | scran_1.2.2.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/scran/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scran/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |