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这是发展saps版本;稳定版请参见削弱了．

预后特征的显著性分析

Bioconductor版本:开发(3.4)

实现预后特征方法(SAPS)显著性分析的功能。SAPS提供了一种可靠的方法来识别与患者生存相关的生物学意义上的基因集。计算了三个基本统计数据。首先，根据候选基因集的差异表达，将患者分为两个生存组。P_pure为两组间无生存差异的概率。接下来，将相同的程序应用于随机生成的基因集，P_random计算为达到与候选基因集同样显著的P_pure的比例。最后，通过一致性指数对所有基因进行排序，进行预排序基因集富集分析(GSEA)，并计算P_enrich以表明具有单变量预后意义的基因的候选基因集富集程度。计算一个SAPS_score来总结三个统计量，还可以通过计算随机基因集的SAPS_score来计算一个q值来估计SAPS_score的显著性。

作者:Daniel Schmolze [aut, cre]， Andrew Beck [aut]， Benjamin haebe - kains [aut]

维护者:Daniel Schmolze

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	削弱了装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，软件，生存
版本	2.5.2
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 2.14.0)，生存
进口	钢琴，survcomp，reshape2
链接
建议	降雪，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	saps_2.5.2.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.9 (Mavericks)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/saps
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/saps/
软件包下载报告	下载数据