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此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ropls．

PCA、PLS(-DA)和oppls (-DA)用于组学数据的多变量分析和特征选择

Bioconductor版本:3.4

主成分分析(PCA)和偏最小二乘(PLS)潜在变量建模是组学数据可视化、回归、分类和特征选择的强大方法，当变量数量超过样本数量且变量之间存在多重共线性时。正交偏最小二乘(olpls)能够分别建模与感兴趣因素相关(预测)的变化和不相关(正交)的变化。在执行与PLS类似的操作时，OPLS简化了解释。这些化学计量学技术的成功应用包括光谱数据，如拉曼光谱、核磁共振(NMR)、质谱(MS)在代谢组学和蛋白质组学中的应用，也包括转录组学数据。除了分数、负载和权重图之外，该包还提供了度量和图形来确定最优的组件数量(例如使用R2和Q2系数)，通过排列测试检查模型的有效性，检测异常值，并执行特征选择(例如使用投影中的变量重要性或回归系数)。该软件包可以通过Workflow4Metabolomics.org计算代谢组学在线资源的用户界面访问(建立在Galaxy环境之上)。

作者:Etienne A. thevennot < Etienne。在cea.fr thevenot >

维护者:Etienne A. thevennot < Etienne。在cea.fr thevenot >

安装

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文档

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PDF	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，Lipidomics，MassSpectrometry，代谢组学，PrincipalComponent，蛋白质组学，回归，软件，转录组
版本	1.6.2
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(1.5年)
许可证	CeCILL
取决于
进口	Biobase、方法
链接
建议	BiocGenerics，BiocStyle，相机，faahKO，knitr，乘，rmarkdown，RUnit，xcms
SystemRequirements
增强了
URL	http://dx.doi.org/10.1021/acs.jproteome.5b00354
取决于我
进口我	biosigner
建议我	proFIA
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	ropls_1.6.2.tar.gz
Windows二进制	ropls_1.6.2.zip
Mac OS X 10.9(小牛队)	ropls_1.6.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ropls/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ropls/
包下载报告	下载数据