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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见rMAT．

R实现从MAT程序规范化和分析平铺阵列和芯片芯片数据。

Bioconductor版本:3.4

该包是包MAT的R版本，包含函数来解析和合并Affymetrix BPMAP和CEL平铺数组文件(使用基于c++的Fusion SDK和Bioconductor包affxparser)，使用特定序列模型规范化平铺数组，从ChIP-chip实验中检测富集区域。注意:用户必须安装GSL和GenomeGraphs。Windows用户:“参考源发行版的inst目录中可用的README文件以获得必要的配置说明”。雪豹用户可以利用提高速度与中央调度!

作者:Charles张、Arnaud Droit和Raphael Gottardo

维护者:Arnaud Droit < Arnaud。crchuq.ulaval的所有权。ca>和Raphael Gottardo

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“rMAT”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rMAT”)

PDF	R脚本	rat用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，预处理，软件
版本	3.24.0
在Bioconductor	BioC 2.4 (R-2.9)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.9.0)，BiocGenerics(> = 0.1.3),IRanges(> = 1.13.10),Biobase(> = 2.15.1),affxparser
进口	统计数据、方法BiocGenerics，IRanges，Biobase，affxparser, stats4
链接
建议	GenomeGraphs，rtracklayer
SystemRequirements	GSL (GNU科学图书馆)
增强了
URL	http://www.rglab.org
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	rMAT_3.24.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	rMAT_3.24.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/rMAT/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rMAT/
软件包下载报告	下载数据