要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“qvalue”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见qvalue.
Bioconductor版本:3.4
这个包从同时测试许多假设得到的p值列表,并估计它们的q值和局部FDR值。测试的q值测量当特定测试被称为显著性时所产生的假阳性的比例(称为错误发现率)。给定检验的p值,局部FDR测量零假设为真的后验概率。各种各样的图是自动生成的,允许人们做出合理的意义分割。最近,一些数学结果显示了该软件估计q值的保守准确性。该软件可以应用于基因组学、脑成像、天体物理学和数据挖掘方面的问题。
作者:John D. Storey,由Andrew J. Bass, Alan Dabney和David Robinson贡献
维护者:John D. Storey
引文(从R内,输入引用(“qvalue”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“qvalue”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“qvalue”)
R脚本 | qvalue包 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | MultipleComparisons,软件 |
版本 | 2.6.0 |
在Bioconductor | BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 12年) |
许可证 | LGPL |
取决于 | R (>= 2.10) |
进口 | 样条函数,ggplot2、网格reshape2 |
链接 | |
建议 | knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://github.com/jdstorey/qvalue |
全靠我 | anota,CancerMutationAnalysis,ChimpHumanBrainData,DEGseq,DrugVsDisease,metaseqR,prot2D,r3Cseq,SSPA,webbioc |
进口我 | Anaquin,anota,冠军,clusterProfiler,derfinder,剂量,边缘,erccdashboard,IHWpaper,methylKit,msmsTests,netresponse,normr,Rnits,风景,sRAP,subSeq,synapter,触发,webbioc |
建议我 | biobroom,LBE,maanova,PREDA,RNAinteractMAPK |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | qvalue_2.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | qvalue_2.6.0.zip |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | qvalue_2.6.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/qvalue/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/qvalue/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |