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此包适用于Bioconductor的3.4版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见qusage。

qusage:基因表达的定量集分析

Bioconductor版本:3.4

该包是(Yaari G. et al, Nucl Acids Res, 2013)中描述的基因表达定量集分析(QuSAGE)方法的实现。这是一种新型的基因集合富集型测试，旨在为基因表达研究提供更快、更准确、更容易理解的测试。qusage使用Wu等人提出的方差膨胀因子技术解释了基因间的相关性(核酸研究，2012)。此外，qusage不是简单地用一个数字(P值)来评估对零假设的偏差，而是用一个完整的概率密度函数来量化基因集的活性(PDF)。从这个PDF中，可以很容易地提取P值和置信区间。保存PDF还允许在保持统计可追溯性的同时进行事后分析(例如，基因集活性的成对比较)。最后，虽然qusage与现有方法(如LIMMA)中的个体基因统计相兼容，但我们实现了一种基于welch的方法，该方法提高了特异性。如有问题，请联系Chris Bolen (cbolen1@gmail.com)或Steven Kleinstein (steven.kleinstein@yale.edu)

作者:Christopher Bolen和Gur Yaari，来自Juilee Thakar, Hailong孟，Jacob Turner, Derek Blankenship和Steven Kleinstein

维护者:Christopher Bolen

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

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文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“qusage”)

PDF	R脚本	运行qusage
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,微阵列,RNASeq,软件
版本	2.6.1
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(3.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.10),limma(> = 3.14)的方法
进口	跑龙套,Biobase,nlme,lsmeans
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://clip.med.yale.edu/qusage
取决于我
进口我
建议我	SigCheck
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	qusage_2.6.1.tar.gz
Windows二进制	qusage_2.6.1.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	qusage_2.6.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/qusage/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qusage/
包下载报告	下载数据