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profia

此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅profia

FIA-HRMS数据的预处理

生物导体版本:3.4

耦合到高分辨率质谱的流动注射分析是高通量代谢组学的一种有前途的方法。但是,FIAHRMS数据不能使用依赖液相色谱分离或仅处理低分辨率数据的当前软件工具进行预处理。在这里,我们提出了Profia软件包,该软件包实现了一种新方法,用于预处理FIA-HRMS原始数据(NetCDF,MZDATA,MZXML和MZML),包括噪声建模和注射峰重建,并生成峰表。工作流程包括噪声建模,频带检测和过滤,然后信号匹配和缺少值插补。然后可以将峰表作为.TSV文件导出,以进行进一步分析。评估数据质量和信号的可视化易于产生。

作者:Alexis Delabriere和Etienne Thevenot。

维护者:Alexis delabriere

引用(从r内,输入引用(“ profia”)):

安装

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文档

html R脚本 小插图标题
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文本 消息

细节

生物浏览 脂质组学,,,,质谱,,,,代谢组学,,,,峰值探测,,,,预处理,,,,蛋白质组学,,,,软件
版本 1.0.10
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(0.5岁)
执照 塞西尔
要看 r(> = 3.3.0),XCMS
进口 统计,图形,utils,grdevices,方法,pracma,,,,生物酶,,,,fnn,,,,minpack.lm,,,,生物比较
链接
建议 ropls,,,,生物基因,,,,Plasfia,,,,尼特
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包源 PROFIA_1.0.10.TAR.GZ
Windows二进制 PROFIA_1.0.10.ZIP(32-和64位)
Mac OS X 10.9(Mavericks) PROFIA_1.0.10.TGZ
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/profia/tree/release-3.4
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/profia/
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