要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“podkat”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见podkat.
Bioconductor版本:3.4
这个包提供了一个关联测试,能够处理非常罕见甚至私有的变体。这是通过基于内核的方法来完成的,该方法将变量的位置考虑在内。该测试可用于预处理矩阵数据,也可直接用于VCF文件中存储的变量数据。关联检测可以进行全基因组,全外显子组,或限制在预定义的感兴趣的区域。测试由分析和可视化结果的工具补充。
作者:Ulrich Bodenhofer
维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinf.jku.at>
引文(从R内,输入引用(“podkat”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“podkat”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“podkat”)
R脚本 | PODKAT -一个R包,用于涉及稀有和私有变体的关联测试 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,DataImport,遗传学,测序,软件,VariantAnnotation,WholeGenome |
版本 | 1.6.1 |
在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(2年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | R(>= 3.2.0),方法,Rsamtools,GenomicRanges |
进口 | Rcpp(>= 0.11.1),并行,统计,图形,grDevices, utils,Biobase,BiocGenerics,矩阵,GenomeInfoDb,IRanges,Biostrings,BSgenome(> = 1.32.0) |
链接 | Rcpp,Rsamtools |
建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked,GWASTools(> = 1.13.24),VariantAnnotation,SummarizedExperiment,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/ |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | podkat_1.6.1.tar.gz |
Windows二进制 | podkat_1.6.1.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | podkat_1.6.1.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/podkat/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/ |
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