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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见phyloseq．

处理和分析高通量微生物种群普查数据

Bioconductor版本:3.4

Phyloseq提供了一组类和工具来促进微生物组普查数据的导入、存储、分析和图形化显示。

作者:Paul J. McMurdie ， Susan Holmes < Susan at stat.stanford.edu>，由Gregory Jordan和Scott Chamberlain贡献

维护者:Paul J. McMurdie

安装

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文档

超文本标记语言	R脚本	分析装饰图案
超文本标记语言	R脚本	phyloseq和DESeq2对结直肠癌数据的影响
超文本标记语言	R脚本	Phyloseq基础插图
超文本标记语言	R脚本	phyloseq常见问题(FAQ)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，GeneticVariability，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，测序，软件
版本	1.19.1
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	BiocGenerics(> = 0.18.0),ade4(> = 1.7.4),猿(> = 3.4),biomformat(> = 1.0.0),Biostrings(> = 2.40.0),集群(> = 2.0.4),data.table(> = 1.9.6),foreach(> = 3),ggplot2(> =魅惑,igraph(>= 1.0.1)，方法(>= 3.3.0)，乘(> = 2.28.0),plyr(> = 1.8.3),reshape2(> = 1.4.1),尺度(> = 0.4.0),素食主义者(> = 2.3.5),Biobase
链接
建议	BiocStyle(> = 2.0.0),DESeq2(> = 1.12.0),genefilter(> = 1.54),testthat(> = 1.0.2中),knitr(> = 1.13),metagenomeSeq(> = 1.14),rmarkdown(> = 0.9.6)
SystemRequirements
增强了	doParallel(> = 1.0.10)
URL	http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports	https://github.com/joey711/phyloseq/issues
全靠我	curatedMetagenomicData，战
进口我	PathoStat
建议我	philr
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	phyloseq_1.19.1.tar.gz
Windows二进制	phyloseq_1.19.1.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	phyloseq_1.19.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/phyloseq/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/
软件包下载报告	下载数据