要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ paxtoolsr”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

Paxtoolsr

此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅Paxtoolsr

PAXTOOLSR:从多个数据库到Biopax和Pathway Commons的访问路径

生物导体版本:3.4

该软件包提供了一组R函数,用于使用PAXTools与Biopax OWL文件进行交互,并查询路径CONSON(PC)分子交互数据库,该数据库由Memorial Sloan-Kettering Cancer Center(MSKCC)的计算生物学中心托管。途径Commons数据库包括:结合,Biogrid,Corum,CTD,DIP,药物库,HPRD,Humancyc,完整,kegg,Mirtarbase,Panther,Panther,Phosphospedplus,Reactome,Reactome,Recon,Recon,TransFac。

作者:奥古斯丁·卢娜(Augustin Luna)

维护者:Augustin Luna

引用(从r内,输入引用(“ paxtoolsr”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ paxtoolsr”)

文档

html R脚本 使用paxtoolsr
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基因烯,,,,GraphandNetwork,,,,kegg,,,,网络,,,,NetworkEnrichment,,,,途径,,,,Reactome,,,,软件,,,,系统生物学
版本 1.8.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(2。5年)
执照 LGPL-3
要看 r(> = 3.2),rjava(> = 0.9-4),XML
进口 httr,,,,Igraph,,,,plyr,,,,rjson,,,,r.utils,,,,Data.Table
链接
建议 测试,,,,尼特,,,,生物使用,,,,rmarkDown,,,,rcolorbrewer,,,,Biomart,,,,雌激素,,,,副词,,,,HGU95AV2,,,,HGU95AV2CDF,,,,林玛,,,,foreach,,,,Dosnow, 平行
系统要求 Java(> = 1.6)
增强
URL https://github.com/biopax/paxtoolsr
取决于我
进口我
建议我 RCY3
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 paxtoolsr_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 paxtoolsr_1.8.0.zip
Mac OS X 10.9(Mavericks) paxtoolsr_1.8.0.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/paxtoolsr/tree/release-3.4
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/paxtoolsr/
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