要安装此包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url源(“https://biocondudard.org/bioclite.r”)Bioclite(“PathView”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此套餐适用于Biocumonds 3.4版;对于稳定的最新版本版本,请参阅Pathview.。
Bioconductor版本:3.4
PathView是基于路径的数据集成和可视化的工具集。它映射并呈现在相关路径图上的各种生物数据。所有用户都需要提供他们的数据并指定目标路径。PathView自动下载路径图数据,解析数据文件,将用户数据映射到路径,并使用映射数据渲染路径图。此外,PATHVIEW还与大规模和全自动分析的途径和基因集(富集)分析工具无缝集成。
作者:魏晋罗
维护者:yijun luo
引文(从R内,输入引文(“PathView”)
):
要安装此包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url源(“https://biocondudard.org/bioclite.r”)Bioclite(“PathView”)
要查看系统中安装此包版本的文档,请启动r并输入:
BROWSEVIGNETTES(“PATHVIEW”)
PDF. | r script. | PathView:基于路径的数据集成和可视化 |
PDF. | 参考手册 | |
文本 | 消息 |
Biocviews. | 不同的亚兴那基因表达那GenesetenRichment.那遗传学那graphandnetwork.那代谢组学那微阵列那途径那蛋白质组学那rnaseq.那测序那软件那系统生物学那可视化 |
版本 | 1.14.0. |
在生物导体中以来 | BIOC 2.12(R-3.0)(4年) |
执照 | GPL(> = 3.0) |
依靠 | r(> = 2.10),org.hs.eg.db. |
进口 | keggraph.那XML.那rghrachviz那图形那PNG.那annotationdbi.那凯格斯特,方法,utils |
链接到 | |
建议 | 吐那org.mm.eg.db.那运行那生物根系 |
系统要求 | |
加强 | |
URL. | http://pathview.uncc.edu/ |
取决于我 | EGSEA.那enrichmentbrowser. |
进口我 | 多种那tcgabiolinks. |
建议我 | ClusterProfiler.那吐那Gagetata. |
建立报告 |
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
包来源 | pathview_1.14.0.tar.gz. |
Windows二进制文件 | pathview_1.14.0.zip. |
Mac OS x 10.9(mavericks) | pathview_1.14.0.tgz. |
subversion源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/biocumon-mirror/pathview/tree/release-3.4 |
包短网址 | http://biocidodder.org/packages/pathView/ |
包裹下载报告 | 下载统计信息 |