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此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本，请参见nem．

(动态)嵌套效应模型和确定性效应传播网络重建表型层次结构

Bioconductor版本:3.4

包'nem'允许从扰动效应的嵌套结构中重建路径的特征。它将(1)一组被干扰的途径成分作为输入，(2)这些干扰的表型读数(如基因表达、蛋白质表达)。输出是一个表示表型层次的有向图。

作者:Holger Froehlich, Florian Markowetz, Achim Tresch, Theresa Niederberger, Christian Bender, Matthias Maneck, Claudio Lottaz, Tim Beissbarth

维护器:Holger Froehlich

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("nem")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes (nem)

PDF		markowetz -论文- 2006. - pdf
PDF	R脚本	巢效应模型——果蝇免疫反应的一个例子
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学，GraphsAndNetworks，微阵列，NetworkInference，通路，软件，SystemsBiology
版本	2.48.0
在Bioconductor公司	BioC 1.9 (R-2.4)(10.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0)
进口	引导，e1071，图，图形，grDevices，方法，RBGL(> = 1.8.1),RColorBrewer， stats, utils，Rgraphviz，statmod，plotrix，limma
链接
建议	Biobase(> = 1.10)
SystemRequirements
增强了	doMC，雪、并行
URL	//www.anjoumacpherson.com
全靠我	lpNet
进口我	birte
建议我	rBiopaxParser
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	nem_2.48.0.tar.gz
Windows二进制	nem_2.48.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.9(小牛队)	nem_2.48.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/nem/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nem/
软件包下载报告	下载数据