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mmnet

此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅mmnet

系统生物学的宏基因组管道

生物导体版本:3.4

该软件包提供了实现微生物组代谢网络构建和分析。它引入了独特的宏基因组系统生物学方法,将宏基因组数据映射到KEGG全球代谢途径并构建系统级网络。系统级网络和下一个拓扑分析将有很大的帮助,有助于分析各种功能特性,包括元基因组​​的调节和代谢功能。

作者:Yang Cao,Fei Li

维护者:yang cao ,fei li

引用(从r内,输入引用(“ mmnet”)):

安装

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文档

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browsevignettes(“ mmnet”)

PDF R脚本 mmnet
PDF 参考手册

细节

生物浏览 GraphSandNetwork,,,,微生物组,,,,途径,,,,测序,,,,软件,,,,系统生物学
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(3年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 2.14),Igraph,Biom
进口 生物酶,,,,rjsonio,,,,Stringr,,,,RESHAPE2,,,,GGPLOT2,,,,keggrest,,,,plyr,,,,XML,,,,rcurl,,,,flexmix,,,,矩阵,方法,工具
链接
建议 rcytoscape,,,,图形,,,,尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
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包源 mmnet_1.12.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.9(Mavericks)
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/mmnet/tree/release-3.4
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/mmnet/
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