安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“methylPipe”)

在大多数情况下,您不需要下载包存档。

methylPipe

这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylPipe

基本解决DNA甲基化数据分析

Bioconductor版本:3.4

内存效率分析的基础解决DNA甲基化数据在中央人民政府和non-CpG序列上下文。DNA甲基化数据来自任何方法的集成提供基础——或低分辨率的数据。

作者:卡马尔•基

维护人员:Kamal基肖尔<卡马尔。在gmail.com fartiyal84 >

从内部引用(R,回车引用(“methylPipe”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“methylPipe”)

文档

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PDF R脚本 methylPipe.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道,DNAMethylation,MethylSeq,测序,软件
版本 1.8.0
Bioconductor自 BioC 3.0 (r - 3.1)(2.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R(> = 3.2.0)、方法grDevices,图形、属性、跑龙套,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rsamtools
进口 marray,gplots,IRanges,BiocGenerics,Gviz,GenomicAlignments,Biostrings平行,data.table,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,knitr,MethylSeekR
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 ListerEtAlBSseq
进口我 compEpiTools
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源 methylPipe_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 methylPipe_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9(小牛) methylPipe_1.8.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/bioconductor - mirror/methylpipe/tree/release - 3.4
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/methylPipe/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网