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林马

此套餐适用于Biocumonds 3.4版;对于稳定的最新版本版本,请参阅林马

微阵列数据的线性模型

Bioconductor版本:3.4

微阵列数据的数据分析,线性模型和差异表达。

作者:Gordon Smyth [Cre,Aut],Yifang Hu [CTB],Matthew Ritchie [CTB],Jeremy Silver [CTB],James Wettenhall [CTB],Davis McCarthy [CTB],Di Wu [CTB],Wei Shi [CTB],Belinda Phiveon [CTB],Aaron Lun [CTB],Natalie Thorne [CTB],Alicia Oshlack [CTB],Carolyn de Graf [CTB],Yunshun Chen [CTB],Mette Langaas [CTB],Egil Ferkingstad [CTB],Marcus Davy [CTB],Francois Pepin [CTB],Dongseok Choi [CTB]

维护者:Gordon Smyth

引文(从R内,输入引文(“Limma”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// urls源(“https://biocumon.org/bioclite.r”)Bioclite(“Limma”)

文件

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BROWSEVIGNETTES(“LIMMA”)

PDF. 林马一页介绍
PDF. Usersguide.pdf.pdf.
PDF. 参考手册
文本 消息

细节

biocViews 替代品batcheffect.贝叶斯聚类DataImport.DifferentialExpression差异化Exonarray.基因表达GenesetenRichment.遗传学微阵列多匹匹莫森正常化oneChannel.预处理proprietaryplatforms.QualityControl.rnaseq.回归软件TimeCourse转录两种通道MRAMICRARARAY.microRNAArray
版本 3.30.13
在生物导体中以来 BIOC 1.6(R-2.1)或更早(> 12年)
执照 GPL(> = 2)
依靠 r(> = 2.3.0)
进口 Grdevices,图形,统计数据,Util,方法
链接到
建议 敬服annotationdbi.百瑞德BioBase.椭圆go.db.贡献Illuminaio.Locfit.大量的org.hs.eg.db.,花键,Statmod.(> = 1.2.2),VSN.
系统要求
加强
URL. http://bioinf.wehi.edu.au/limma.
取决于我 a4BaseyeasyExpress.Agimicrorna.比希拉bsseq索布尔CCL4.CGHMCR.chimphumanbraindata.Clippda.Codelink.兑换cormotif玉石DrugVsDiseaseedger.eximir.表达式FEMfletcher2013a.GCMAP.Genefu.HD2013SGI.htqpcr.maigespack.mapredictdsc.马拉莱MetagenomeSQ.metaseqr.MLSEQ.mmpalatemirna.PGPC.PROT2D.QPcrnorm.QUusage.rbm.林诺rnbeads.rnits.snapcgh.泼丝体SRGNET.SSPA.翻译马托姆大陆西瓜
进口我 ABSSEQ.倍感工具聘请圭圭Anamir.ArrayExpress.ressquality.ArrayqualityMetrics.ArrayTools.吸引舞会礼服Batchqc.Beadarraybeadarrayusecases.赌注BIRTE.Bubbletree.Bumphunter.索布尔癌变分析癌症卡斯珀冠军魅力浮雕Chippeakanno.丁浓缩Compcoder.承认countblust.CRLMM.Crossmeta.CSAW.CTSGE.达巴马尔德布雷斯勒derfinderplot去掉困惑Diffhic.差异Dmelsgi.dmrcate.EBSEA.EEGC.埃拉德EGSEA.enrichmentbrowser.erccdashboard.探索酶流动Gcrisprtools.geneselectmmd.Geneselector.GGBase.Gosummaries.gqtlstats.GUIDESEQ.htqpcr.icheck.ichip.Icobra.inpas.limmaGUILinnorm.lmdmelvsmirnamapkl.Methylkit.甲基混合物Minfi.米尔拉布MissMethyl.mmpalatemirna.单片moonlightr.MSSTATS.NEM.罚款nondetects.OGSA.奥林PAA.牧伙伴PathoStatPBCMCPCAExplorer.佩奇百事可乐现象聚酯纤维QSEA.rcgh.regsplice.ReportingTools.林诺rnainteract.rnaityrtcgatoolbox.rtn.RTopper撒尿秒杀simbindprofiles.snapcgh.议案svaplsseq.Systempiper.tcgabiolinks.时间课程Topaseq.TPP.TweedeSeQ.variancepartition.VSN.山姆斯
建议我 abarray.AdacGH2.beadarraysnp.生物室Bioccasestudies.二乙衫类别CompoundationCompare.classifyr.CMA.COGPS.德内捷德染料纤维弯头Geneselector.地理曲线geuvadistranscriptexpr.光明GSRI.GSVA.哈曼Heatplus等待者llumi.mammaprintdata.桅杆MDGSA.methylumiMLP.NPGSEA.oligo.onechannelgui.逆口paxtoolsr.PGSEA钢琴plw预先彪马rcade.RTopperrtracklayer.七百年人潜艇SVA.tximport.
建立报告

包档案包

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包来源 limma_3.30.13.tar.gz.
Windows二进制文件 limma_3.30.13.zip.(32-&64位)
Mac OS x 10.9(mavericks) limma_3.30.13.tgz.
subversion源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/biocumon-mirror/limma/tree/release-3.4
包短网址 http://biocidodder.org/packages/limma/
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