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此套餐适用于Biocumonds 3.4版;对于稳定的最新版本版本，请参阅烤肉串。

基于核的生物序列分析

Bioconductor版本：3.4

该包装提供了通过基于SVM的方法对DNA，RNA和氨基酸序列的基于核的基于核的基于核的函数。作为核心功能，Kebabs遵循序列内核：Spectrum内核，Mismatch内核，Gappy对内核和主题内核。除了高效实现标准位置无关功能，内核以新颖的方式扩展，以考虑模式的定位。由于内核配方的灵活性，包括加权程度内核或具有恒定权重的移动加权度内核等其他内核作为特殊情况。核的特定于注释的变型使用沿序列中的序列中的注释信息与序列中的图案一起放置。该包允许为所有可用内核生成内核矩阵或以密集或稀疏格式的显式特征表示，这些内核可以与其他R包中实现的方法一起使用。重点关注基于SVM的方法，Kebabs提供了一种框架，简化了Kernlab，E1071和Liblinear中的现有SVM实现的使用。二进制和多级分类以及回归任务可以以统一的方式使用，而无需处理所选SVM的不同功能，参数和格式。由于支持选择超级参数，包提供交叉验证 - 包括分组的交叉验证，网格搜索和模型选择功能。为了更容易地解释结果，该包装可以计算所有SVM和预测配置文件的特征权重，其示出了各个序列位置对预测结果的贡献，并指示学习结果和底层生物学功能的序列部分的相关性。

作者：Johannes Palme

维护者：Ulrich Bodenhofer >

安装

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文件

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BROWSEVIGNETTES（“kebabs”）

PDF.	r script.	Kebabs - 基于核的生物序列分析的R包
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	分类那聚类那回归那软件那SupportVectormachine.
版本	1.8.1.
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（2.5岁）
执照	GPL（> = 2.1）
依靠	r（> = 3.2.0），生物仪器（> = 2.35.5），Kernlab.
进口	方法，统计，rcpp.（> = 0.11.2），矩阵那xvector.（> = 0.7.3），S4Vectors.（> = 0.5.11），E1071.那Liblinear.，图形，grdevices，实用程序，apcluster.
链接到	绞喉那xvector.那生物仪器那rcpp.那S4Vectors.
建议	斯特勒姆那BioBase.那生物根系那kn
系统要求
加强
URL.	http://www.bioinf.jku.at/software/kebabs/
取决于我	撤销
进口我	findmyfriends.那odseq.
建议我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

包来源	kebabs_1.8.1.tar.gz.
Windows二进制文件	kebabs_1.8.1.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.9（mavericks）	kebabs_1.8.1.tgz.
subversion源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/biocondion-mirror/kebabs/tree/release-3.4
包短网址	http://biocidodder.org/packages/kebabs/
包裹下载报告	下载统计信息