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Hapfabia：通过下降（IBD）识别由大序列数据中的罕见变体的下降（IBD）识别

Bioconductor版本：3.4

通过Fabia Biclesting识别大型测序数据中非常短的IBD片段的包。如果它们共享从共同的祖先继承的一段，则两个单倍型与下降（IBD）相同。当前IBD方法可靠地检测长IBD段，因为该段中的许多轻微等位基因在两个单倍型之间是一致的。但是，许多队列研究包含不相关的个​​人，只有短IBD段。此包提供软件以在排序数据中识别短IBD段。短IBD段的知识与基因分型数据，协会研究和人口遗传学的阶段相关，他们在那里阐明了人类的进化史。包支持VCF格式，基于稀疏矩阵操作，并以不同格式提供单倍型集群的可视化。

作者：SEPP Hochreiter

维护者：SEPP Hochreiter

安装

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文件

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Browsevignettes（“Hapfabia”）

PDF.	r script.	Hapfabia：R包装手册
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	聚类那遗传性那遗传学那SNP.那序列术那测序那软件那可视化
版本	1.16.1.
在生物导体中以来	BIOC 2.11（R-2.15）（4.5岁）
执照	LGPL（> = 2.1）
依靠	r（> = 2.12.0），BioBase.那法比亚（> = 2.3.1）
进口	方法，图形，GRDEVICE，统计数据，UTILS
链接到
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URL.	http://www.bioinf.jku.at/software/hapfabia/hapfabia.html.
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包档案包

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包来源	hapfabia_1.16.1.tar.gz.
Windows二进制文件	hapfabia_1.16.1.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.9（mavericks）	hapfabia_1.16.1.tgz.
subversion源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/biocumon-mirror/hapfabia/tree/release-3.4
包短网址	http://biocidodder.org/packages/hapfabia/
包裹下载报告	下载统计信息