##如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gmapR”)

此包适用于Bioconductor的3.4版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见gmapR。

一个到GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口

Bioconductor版本:3.4

GSNAP和GMAP是一对用于对齐Tom Wu写的短读数据的工具。该包提供了方便的方法，从R.中使用GMAP和GSNAP。此外，它提供了方法，使用bam_tallytool在每个核苷酸的基础上统计对齐结果。

作者:科里·巴尔，托马斯·吴，迈克尔·劳伦斯

维护者:迈克尔·劳伦斯<劳伦斯。迈克尔在gene.com >

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gmapR”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gmapR”)

PDF	R脚本	gmapR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.15.0)，方法GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.17.12),Rsamtools(> = 1.17.8)
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,rtracklayer(> = 1.31.2),GenomicFeatures(> = 1.17.13),Biostrings,VariantAnnotation(> = 1.11.4)、工具Biobase,BSgenome,GenomicAlignments(> = 1.1.9),BiocParallel
链接
建议	RUnit,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,LungCancerLines
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	HTSeqGenie
进口我	VariantTools
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	gmapR_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	gmapR_1.16.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/gmapR/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gmapR/
包下载报告	下载数据