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此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本，请参见genomation．

基因组数据的汇总、注释和可视化

Bioconductor版本:3.4

基因组间隔的摘要和注释包。用户可以在预先定义的功能区域上可视化和量化基因组间隔，如启动子、外显子、内含子等。基因组间隔表示具有确定的染色体位置的区域，这可能与评分相关，如从HT-seq实验中对齐的读数，TF结合位点，甲基化评分等。该软件包可以使用任何表格基因组特征数据，只要它有基因组间隔位置的最小信息。此外，它可以使用BAM或BigWig文件作为输入。

作者:Altuna Akalin [aut, cre]， Vedran Franke [aut, cre]， Katarzyna Wreczycka [aut]， Alexander Gosdschan [ctb]， Liz Ing-Simmons [ctb]

维护者:Altuna Akalin ， Vedran Franke

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	genomation
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，CpGIsland，测序，软件，可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.0.0)，网格
进口	Biostrings，BSgenome，data.table，GenomeInfoDb，GenomicRanges(> = 1.23.26),GenomicAlignments，S4Vectors(> = 0.9.25),ggplot2，gridBase，嫁祸于，IRanges，matrixStats、方法、并行plotrix，plyr，readr，reshape2，Rsamtools，seqPattern，rtracklayer，Rcpp，RUnit
链接	Rcpp，Rhtslib
建议	BiocGenerics，genomationData，knitr，knitrBootstrap，RColorBrewer，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://bioinformatics.mdc-berlin.de/genomation/
BugReports	https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues
取决于我
进口我	CexoR，fCCAC，美国广播公司
建议我	methylKit
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	genomation_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	genomation_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9(小牛队)	genomation_1.6.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/genomation/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genomation/
包下载报告	下载数据