##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“geneXtendeR”)

此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见geneXtendeR．

来自组蛋白修饰ChIP-seq数据的最优基因扩展

Bioconductor版本:3.4

geneXtendeR设计用于基于优化计算优化注释组蛋白修饰ChIP-seq峰值输入文件，具有功能重要的基因组特征(例如，与峰值相关的基因)。geneXtendeR通过一些基因组距离(在DNA碱基对中)优化扩展基因组中每个基因的边界，以灵活地合并顺式调控元件(cre)，如增强子和启动子，以及相对于表观遗传组蛋白修饰ChIP-seq数据集对基因功能很重要的下游元件。geneXtender根据特定表观遗传标记(例如H3K9me1, H3K27me3)的宽度计算最佳基因扩展，由用户提供的ChIP-seq峰值输入文件确定。因此，geneXtender最大限度地定位最接近峰值和正处于峰值之下的基因的信噪比。通过执行这种性质的计算扩展，ChIP-seq读取最初不会严格映射到特定基因，现在可以优化映射到基因的调控区域，从而将该基因作为潜在的候选基因，从而使ChIP-seq实验更加成功。这种方法在处理具有固有宽峰的表观遗传组蛋白修饰时变得特别重要。

作者:Bohdan Khomtchouk [aut, cre]

维护者:Bohdan Khomtchouk

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“geneXtendeR”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“geneXtendeR”)

PDF	R脚本	geneXtendeR装饰图案
PDF		参考手册
文本		自述

细节

biocViews	注释，ChIPSeq，ChipOnChip，报道，DataImport，DifferentialPeakCalling，遗传学，GenomeAnnotation，HistoneModification，PeakDetection，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(0.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	rtracklayer， r (>= 3.3.1)
进口	data.table，dplyr，图形，utils
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/geneXtendeR
BugReports	https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/geneXtendeR/issues
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	geneXtendeR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	geneXtendeR_1.0.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	geneXtendeR_1.0.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/geneXtendeR/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geneXtendeR/
软件包下载报告	下载数据