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此软件包适用于生物导体的3.4版；对于稳定的最新版本，请参阅gcmapweb。

基因元素富集分析的网络界面

生物导体版本：3.4

GCMAPWEB R软件包提供了GCMAP软件包的图形用户界面。GCMAPWEB使用ROOK软件包，可以在本地计算机上使用，利用R的内部Web服务器，也可以在专用的Rapache Web服务器安装上运行。GCMAPWEB允许用户搜索自己的数据源和说明，以在包装中包括公共存储库中的参考数据集。该软件包支持三种常见的分析类型，特别是具有1的查询。一组或两组查询基因标识符，其成员有望在一致的方向上显示基因表达的变化。例如，上调的基因集可能包含由转录因子激活的基因，转录因子是一个被相同因子抑制的下调基因组靶标。2.一组查询基因标识符，其成员应显示出不同的差异表达（非方向查询）。例如，特定信号通路的成员，其中一些可能会响应刺激而下调。3.与差分表达分析实验的完整结果的查询。例如，来自先前的扰动实验的基因识别符和z得分。GCMAPWEB接受三种类型的标识符：Intreid，基因符号和微阵列探针ID，可以配置为与生物导体支持的任何物种一起工作。 For each query submission, significantly similar reference datasets will be identified and reported in graphical and tabular form.

作者：托马斯·桑德曼

维护者：thomas Sandmann

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

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文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ gcmapweb”）

PDF	R脚本	GCMAPWEB配置
PDF	R脚本	重新创建广泛的连接图V1
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	GUI，，，，基因烯，，，，软件，，，，可视化
版本	1.14.0
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（4年）
执照	艺术2.0
要看	生物酶，，，，GCMAP（> = 1.3.0），方法，r（> = 3.3.0），，车
进口	酿造，，，，生物基因，，，，注释，，，，AnnotationDbi，grdevices，gseabase，，，，HWRITER， 平行，Yaml
链接
建议	副词，，，，ArrayExpress，，，，hgfocus.db，，，，HGU133A.DB，，，，mgug4104a.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，运行
系统要求
增强	BigMemory，，，，BigMemoryExtras
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	gcmapweb_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	gcmapweb_1.14.0.zip
Mac OS X 10.9（Mavericks）	gcmapweb_1.14.0.tgz
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/gcmapweb/tree/release-3.4
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/gcmapweb/
软件包下载报告	下载统计