要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ fgsea”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅fgsea。
生物导体版本:3.4
该软件包实现了一种用于快速基因集富集分析的算法。使用快速算法可以进行更多的排列并获得更细的粒子p值,从而可以使用精确的Stantard方法进行多种假设校正。
作者:Alexey Sergushichev [AUT,CRE]
维护者:gmail.com上的Alexey Sergushichev
引用(从r内,输入引用(“ FGSEA”)
):
要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ fgsea”)
html | R脚本 | 使用FGSEA软件包 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 差异性,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,途径,,,,软件 |
版本 | 1.0.2 |
在生物导体中 | Bioc 3.4(R-3.3)(0.5岁) |
执照 | 麻省理工学院 +文件许可证 |
要看 | r(> = 3.3),RCPP |
进口 | Data.Table,,,,生物比较,统计GGPLOT2(> = 2.2.0),栅格, 网格,FastMatch |
链接 | RCPP |
建议 | 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,Reactome.db,,,,AnnotationDbi, 平行 |
系统要求 | C ++ 11 |
增强 | |
URL | https://github.com/ctlab/fgsea/ |
BugReports | https://github.com/ctlab/fgsea/issues |
取决于我 | |
进口我 | 剂量,,,,钢琴 |
建议我 | pi |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | fgsea_1.0.2.2.tar.gz |
Windows二进制 | fgsea_1.0.2.2.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | fgsea_1.0.2.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/fgsea/tree/release-3.4 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/fgsea/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |