要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ensemble blvep”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见ensemblVEP.
Bioconductor版本:3.4
通过perl API查询ensemble Variant Effect Predictor
作者:Valerie Obenchain
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“ensemblVEP”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ensemble blvep”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“ensemblVEP”)
R脚本 | ensemblVEP | |
参考手册 | ||
文本 | 自述 | |
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,单核苷酸多态性,软件,VariantAnnotation |
版本 | 1.14.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(4年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | 方法,BiocGenerics,GenomicRanges,VariantAnnotation |
进口 | S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb |
链接 | |
建议 | RUnit |
SystemRequirements | 必须安装Ensembl VEP (API版本86)和Perl包DBD::mysql。有关安装说明,请参阅README软件包和Ensembl网站http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html。 |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | TVTB |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | ensemblVEP_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | ensemblVEP_1.14.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/ensemblVEP/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ensemblVEP/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |