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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅deepSNV。

检测subclonal SNVs深度测序数据。

Bioconductor版本:3.4

这个包提供了提供了定量变量调用者在深海探测subclonal突变(> = 100 x报道)测序实验。deepSNV算法用于控制实验的比较设置相同的位点和使用beta-binomial模型和似然比测试区别测序错误和subclonal SNVs。海鸥算法计算变量的贝叶斯分类器基于beta-binomial模型调用多个样品精确估计模型参数,如当地的错误率和色散和先验知识,如从变异数据基地如宇宙。

作者:妮可Beerenwinkel(黑色),大卫·琼斯(施),马德里Martincorena[所有],莫里茨Gerstung (aut (cre)

维护人员:莫里茨Gerstung < mg14在sanger.ac.uk >

安装

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文档

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browseVignettes (“deepSNV”)

PDF	R脚本	R包检测低频变异在深测序实验
PDF	R脚本	Subclonal变体调用使用海鸥与多个样本和先验知识
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 2.13.0)、方法、图形、平行,Rhtslib,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Biostrings,VGAM,VariantAnnotation(> = 1.13.44)
进口	Rhtslib
链接	Rhtslib
建议	RColorBrewer,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/mg14/deepSNV
取决于我
进口我
建议我	GenomicFiles
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	deepSNV_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	deepSNV_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9(小牛)	deepSNV_1.20.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/deepsnv/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/
包下载报告	下载数据