要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ deBrowser”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

碎片器

此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅碎片器

DEBROWSER:交互式差异分析分析浏览器

生物导体版本:3.4

生物信息学平台包含用于差异基因和区域表达研究的交互式图和表。允许以交互式和更快的方式更深入地看到表达数据。通过更改参数,用户可以轻松地发现以前从未做过的数据的不同部分。手动创建和查找这些图需要时间。借助DeBrowser用户可以在不编写任何代码的情况下准备地图。在现场进行差异表达,PCA和聚类分析,并在各种图中显示了结果,例如散点,杆,盒子,火山,MA图和热图。

作者:alper kucukural ,manuel garber

维护者:alper kucukural

引用(从r内,输入引用(“ deBrowser”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ deBrowser”)

文档

html R脚本 DeBrowser Vignette
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 chipseq,,,,聚类,,,,差异性,,,,基因表达,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.3.11
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(1年)
执照 GPL-3 +文件许可证
要看 r(> = 3.3.0),闪亮的,,,,GGVIS,,,,jsonlite,,,,Shinyjs
进口 DT,,,,GGPLOT2,,,,rcolorbrewer,,,,注释,,,,GPLOTS,,,,AnnotationDbi,,,,deseq2,,,,剂量,,,,Igraph,grdevices,图形,统计,utils,基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征,,,,Stringi,,,,RESHAPE2,,,,贝塞克,,,,D3 -HeatMap,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,林玛,,,,EDGER,,,,clusterProfiler,,,,V8, 方法,SVA,,,,发光的dashboard,,,,DevTools,,,,rcurl
链接
建议 测试,,,,rmarkDown,,,,尼特,,,,R.RSP
系统要求
增强
URL https://github.com/umms-biocore/debrowser
BugReports https://github.com/umms-biocore/debrowser/issues/new
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 deBrowser_1.3.11.tar.gz
Windows二进制 deBrowser_1.3.11.zip
Mac OS X 10.9(Mavericks) deBrowser_1.3.11.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/debrowser/tree/release-3.4
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/debrowser/
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