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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见dada2．

从扩增子测序数据准确、高分辨率的样本推断

Bioconductor版本:3.4

dada2包从扩增子数据中推断出精确的序列变体(sv)，取代了常用的更粗糙的OTU聚类方法。dada2管道输入解复用的fastq文件，并输出序列变体及其在去除替换和嵌合体误差后的样本丰度。分类法分类可通过RDP朴素贝叶斯分类器的本机实现实现。

作者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>，Paul McMurdie, Susan Holmes

维护者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	dada2简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	1.2.2
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(1年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.2.0)，Rcpp(>= 0.11.2)，方法(>= 3.2.0)
进口	Biostrings(> = 2.32.1),ggplot2(> = 1.0),data.table(> = 1.9.4),reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.24.0),RcppParallel(>= 4.3.0)，平行(>= 3.2.0)
链接	Rcpp，RcppParallel
建议	testthat(> = 0.9.1),BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports	https://github.com/benjjneb/dada2/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	dada2_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.2.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	dada2_1.2.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/dada2/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dada2/
软件包下载报告	下载数据