要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ biovizbase”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅Biovizbase。
生物导体版本:3.4
BiovizBase软件包旨在为基因组数据提供一组实用程序,配色方案和约定。它是用于生物数据可视化的各种高级包装的基础。这节省了发展努力并鼓励一致性。
作者:Tengfei Yin [AUT],Michael Lawrence [AUT,THS,CRE],Dianne Cook [AUT,THS],Johannes Rainer [CTB]
维护者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)
引用(从r内,输入引用(“ Biovizbase”)
):
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Browsevignettes(“ Biovizbase”)
R脚本 | Biovizbase简介 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 基础设施,,,,预处理,,,,软件,,,,可视化 |
版本 | 1.22.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.9(R-2.14)(5。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | R(> = 2.10),方法 |
进口 | grdevices,统计秤,,,,HMISC,,,,rcolorbrewer,,,,Dichromat,,,,生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges(> = 1.99.28),GenomeInfodB(> = 1.5.14),基因组机(> = 1.23.21),总结性特征,,,,生物弦(> = 2.33.11),rsamtools(> = 1.17.28),基因组签名(> = 1.1.16),GenomicFeatures(> = 1.21.19),AnnotationDbi,,,,变体(> = 1.11.4),Ensembldb(> = 1.3.8) |
链接 | |
建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,BSGENOME,,,,rtracklayer,,,,ensdb.hsapiens.v75,,,,运行 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | 咖啡店,,,,QRQC |
进口我 | 气泡,,,,GGBIO,,,,GVIZ,,,,PVIZ,,,,QRQC,,,,RQC |
建议我 | Cindex,,,,德芬德,,,,derfinderplot,,,,R3CPET,,,,地区报告 |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | biovizbase_1.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | biovizbase_1.22.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | biovizbase_1.22.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/biovizbase/tree/release-3.4 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/biovizbase/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |