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Biomart

此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅Biomart

BiomArt数据库的接口(例如Ensembl,Cosmic,Wormbase和Gramene)

生物导体版本:3.4

近年来,公共数据存储库已获得大量生物学数据。对于全面的生物信息学数据分析,需要轻松访问这些有价值的数据资源和与数据分析的公司集成。BIOMART提供了越来越多的数据库集合的接口,该数据库实施了Biomart软件套件(http://www.biomart.org)。该软件包可以以统一的方式检索大量数据,而无需了解基础数据库模式或编写复杂的SQL查询。BiomArt数据库的示例是Ensembl,Cosmic,Uniprot,HGNC,Gramene,Wormene,Wormbase和DBSNP映射到Ensembl。这些主要数据库使BiomArt用户可以直接访问各种数据集,并启用从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者:steffen durinck ,沃尔夫冈·胡伯

维护者:steffen durinck

引用(从r内,输入引用(“ Biomart”)):

安装

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文档

html R脚本 BIOMART用户指南
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,软件
版本 2.30.0
在生物导体中 Bioc 1.6(R-2.1)或更早(> 12年)
执照 艺术2.0
要看 方法
进口 utils,XML,,,,rcurl,,,,AnnotationDbi
链接
建议 注释,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我 Chromplot,,,,彗星,,,,CustomProdb,,,,达格洛戈,,,,域名,,,,drugvsdisease,,,,Genefu,,,,基因组,,,,米尼卡,,,,诗篇,,,,Roleswitch,,,,寿司,,,,vegamc
进口我 arrayexpresshts,,,,不良区域,,,,Chippeakanno,,,,计时,,,,Cobindr,,,,CustomProdb,,,,dexseq,,,,diffloop,,,,doqtl,,,,EasyRnaseq,,,,EDASEQ,,,,ewce,,,,GenomicFeatures,,,,Genvisr,,,,gesper,,,,goexpress,,,,GVIZ,,,,HTSANALYZER,,,,IDMappingRetRieval,,,,isobar,,,,keggprofile,,,,Medips,,,,代谢信号,,,,metaseqr,,,,甲基分析,,,,mgfr,,,,oncoscore,,,,负鼠,,,,PBase,,,,PCAEXPLORER,,,,PGA,,,,,,,,proloc,,,,psygenet2r,,,,杂种,,,,R453plus1toolbox,,,,RCAS,,,,补偿,,,,RGSEPD,,,,rnaither,,,,rnaseqsamples,,,,评分,,,,seq2pathway,,,,seqgsea,,,,碎片,,,,tcgabiolinks,,,,
建议我 注释,,,,生物萨尔,,,,生物探测,,,,CCTORIAL,,,,Celltree,,,,Chromstar,,,,DegReport,,,,Geneanswers,,,,Genominator,,,,H5VC,,,,Leebamviews,,,,,,,,Massir,,,,米尼卡,,,,幻影,,,,突变模式,,,,奥利戈,,,,奥利戈,,,,Onechannelgui,,,,有机体,,,,Paxtoolsr,,,,钢琴,,,,皮革,,,,PQSFINDER,,,,R3CPET,,,,rcade,,,,rforpoteomics,,,,Ripseeker,,,,rnaseqtutorial,,,,rnbeads,,,,rtandem,,,,rtrm,,,,Shortread,,,,SIM,,,,辛克尔,,,,Systempiper,,,,TrackViewer
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 biomart_2.30.0.tar.gz
Windows二进制 biomart_2.30.0.zip
Mac OS X 10.9(Mavericks) biomart_2.30.0.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/biomart/tree/release-3.4
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/biomart/
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