要安装此软件包,请启动R并输入:
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在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅Annotatr。
生物导体版本:3.4
给定一组基因组位点/区域(例如芯片seq峰,CPG,差异化甲基化的CpG或区域,SNP等),研究相交的基因组注释通常是感兴趣的。这样的注释包括与基因模型(启动子,5'UTRS,外显子,内含子和3'UTRS),CPG(CPG岛,CPG海岸,CPG架子)或调节序列(例如增强子)有关的注释。AnnoTATR软件包提供了一种简单的方法来总结和可视化基因组位点/区域与基因组注释的交集。
作者:Raymond G. Cavalcante [AUT,CRE],Maureen A. Sartor [THS]
维护者:Raymond G. Cavalcante
引用(从r内,输入引用(“ annotatr”)
):
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html | R脚本 | 小插图标题 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 注解,,,,功能基因组学,,,,基因数,,,,软件,,,,可视化 |
版本 | 1.0.3 |
在生物导体中 | Bioc 3.4(R-3.3)(0.5岁) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.3.0) |
进口 | AnnotationDbi,,,,AnnotationHub,,,,dplyr,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,GenomeInfodB(> = 1.10.3),GGPLOT2,,,,iranges, 方法,org.dm.eg.db,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,org.rn.eg.db,,,,readr,,,,区域人,,,,RESHAPE2,,,,rtracklayer,,,,S4VECTORS,统计txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,,,,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm9,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene,,,,txdb.rnorvegicus.ucsc.rn4.ensgene,,,,txdb.rnorvegicus.ucsc.rn5.refgene,,,,txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.refgene,UTILS |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,DevTools,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,roxygen2,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
BugReports | https://www.github.com/rcavalcante/annotatr/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | annotatr_1.0.3.3.tar.gz |
Windows二进制 | annotatr_1.0.3.3.zip |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | annotatr_1.0.3.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/annotatr/tree/release-3.4 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/annotatr/ |
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