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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantFiltering。

过滤的编码和非编码基因变异

Bioconductor版本:3.4

过滤器使用不同标准的遗传变异等遗传模型,氨基酸变化结果,轻微的等位基因频率在人口、强度、剪切位点保护等。

作者:罗伯特Castelo (aut (cre),一些马丁内斯Elurbe[所有],加索尔菲(施)

维护人员:罗伯特Castelo <罗伯特。在upf.edu castelo >

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PDF	R脚本	VariantFiltering:过滤编码和非编码基因变异
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,遗传学,HighThroughputSequencing,Homo_sapiens,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.0.0)、方法BiocGenerics(> = 0.13.8),VariantAnnotation(> = 1.13.29)
进口	跑龙套,DBI,RSQLite(> = 1.0.0),Biobase,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),RBGL,图,AnnotationDbi,BiocParallel,Biostrings(> = 2.33.11),GenomeInfoDb(> = 1.3.6),GenomicRanges(> = 1.19.13),SummarizedExperiment,GenomicFeatures,Rsamtools(> = 1.17.8),BSgenome,Gviz,闪亮的
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	RUnit,BiocStyle,org.Hs.eg.db,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ExAC.r0.3.1.snvs.hs37d5,phastCons100way.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP137
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering
BugReports	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering/issues
取决于我	fitCons.UCSC.hg19,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5,MafDb.ExAC.r0.3.1.nonTCGA.snvs.hs37d5,MafDb.ExAC.r0.3.1.snvs.hs37d5,phastCons100way.UCSC.hg19,phastCons100way.UCSC.hg38,phastCons7way.UCSC.hg38
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	VariantFiltering_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	VariantFiltering_1.10.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9(小牛)	VariantFiltering_1.10.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/variantfiltering/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantFiltering/
包下载报告	下载数据