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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TCGAbiolinks。

TCGAbiolinks: R / Bioconductor TCGA方案综合分析数据

Bioconductor版本:3.4

TCGAbiolinks的目的是:我)TCGA促进开放获取的数据检索,ii)使用适当的准备数据预处理策略,3)提供的方法进行不同标准的分析和iv)允许用户下载数据的特定版本,因此很容易繁殖早期的研究结果。详细,包提供了多种方法进行分析(如微分表达式的分析,识别差异甲基化区域)和可视化的方法(例如,生存的阴谋,火山情节,亮光情节)为了方便开发完整的分析管道。

作者:安东尼奥Colaprico蒂亚戈Chedraoui Silva Catharina奥尔森,卢西亚诺Garofano,大卫。Garolini,克劳迪娅静脉,泰国人Sabedot, Tathiane马耳他、斯特凡诺·m·Pagnotta伊莎贝拉Castiglioni米歇尔,切Houtan Noushmehr蒋禄卡波特米

维护人员:安东尼奥Colaprico <安东尼奥。colaprico ulb.ac。>,蒂亚戈Chedraoui席尔瓦< tiagochst在usp.br >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

HTML	R脚本	介绍
HTML	R脚本	TCGAbiolinks:临床数据
HTML	R脚本	TCGAbiolinks:下载和准备文件进行分析
HTML	R脚本	TCGAbiolinks:突变数据
HTML	R脚本	TCGAbiolinks:环球数码创意搜索数据库
HTML	R脚本	使用TCGAbiolinks包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,GeneRegulation,MethylationArray,网络,通路,测序,软件,生存
版本	2.2.10
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(1.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.2)
进口	下载器(> = 0.4),survminergrDevices,gridExtra、图形、宠物猫,GenomicRanges,XML(> = 3.98.0),Biobase,affy,xtable,data.table,EDASeq(> = 2.0.0),刨边机(> = 3.0.0),jsonlite(> = 1.0.0),plyr,c3net,minet,knitr、方法、biomaRt,gplots,ggplot2,ggthemes,生存,stringr(> = 1.0.0),IRanges,尺度,房车(> = 0.3.0)统计,跑龙套,dnet,igraph,selectr,supraHex,S4Vectors,ComplexHeatmap(> = 1.10.2),R.utils,SummarizedExperiment(> = 1.4.0),limma,genefilter,ConsensusClusterPlus,readr,RColorBrewer,doParallel,dplyr,clusterProfiler,pathview平行,xml2,httr(> = 1.2.1),parmigene,matlab,circlize,ggrepel(> = 0.6.3)
链接
建议	testthat,png,BiocStyle,rmarkdown,devtools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks
BugReports	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues
取决于我
进口我	MoonlightR,SpidermiR
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	TCGAbiolinks_2.2.10.tar.gz
Windows二进制	TCGAbiolinks_2.2.10.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	TCGAbiolinks_2.2.10.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/tcgabiolinks/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinks/
包下载报告	下载数据