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此包适用于Bioconductor的3.4版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见SomaticSignatures。

体细胞签名

Bioconductor版本:3.4

SomaticSignatures包识别单核苷酸变异(SNVs)的突变签名。它提供了一个与Nik-Zainal (2012, Cell)中描述的方法相关的基础设施，在矩阵分解算法中具有灵活性。

作者:朱利安格林

维护者:Julian Gehring

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	SomaticSignatures
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化
版本	2.10.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(3年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (> = 3.1.0),VariantAnnotation,GenomicRanges
进口	S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,Biostrings,ggplot2,ggbio,reshape2,NMF,pcaMethods,Biobase、方法、代理
链接
建议	testthat,knitr平行,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,SomaticCancerAlterations,ggdendro,fastICA,股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/juliangehring/SomaticSignatures
BugReports	https://support.bioconductor.org
取决于我
进口我	Rariant,YAPSA
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	SomaticSignatures_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	SomaticSignatures_2.10.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	SomaticSignatures_2.10.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SomaticSignatures/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SomaticSignatures/
包下载报告	下载数据