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此套餐适用于Biocumonds 3.4版;对于稳定的最新版本版本，请参阅缩短。

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本：3.4

此包实现采样，迭代和FASTQ文件的输入。该软件包包括用于过滤和修剪读取的功能，并用于生成质量评估报告。数据表示为DnastringSet派生的对象，并且可以轻松地操作以用于多样性的目的。该软件包还包含用于早期单端，未授断的对齐格式的遗留支持。

作者：Martin Morgan，Michael Lawrence，Simon Anders

维护者：Bioconductor Package维护者

安装

要安装此包，请启动R并输入：

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文件

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BROWSEVIGNETTES（“SHORTREAD”）

PDF.	r script.	缩短介绍
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	DataImport.那QualityControl.那测序那软件
版本	1.32.1.
在生物导体中以来	BIOC 2.3（R-2.8）（8.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	生物根系（> = 0.11.3），生物相投那生物仪器（> = 2.37.1），RSAMTOOLS.（> = 1.21.4），基因管理（> = 1.5.4）
进口	BioBase.那S4Vectors.（> = 0.7.1），绞喉（> = 2.3.7），genomeinfodb.（> = 1.1.19），Genomicranges.（> = 1.21.6），HWRITER.， 方法，Zlibbioc.那格子那latticeextra.
链接到	S4Vectors.那绞喉那xvector.那生物仪器
建议	生物焦那运行那生物雕那基因组法那yeastnagalakshmi.
系统要求
加强
URL.
取决于我	chipseq.那eatonetalchipseq.那edaseq.那Girafe.那htseqgenie.那核核酸那otubase.那rqc.那rsffreader.那Semmentseq.那Systempiper.
进口我	ArrayExpresshts.那打那chipseq.那chipseqr.那Chipsim那达达2那easyrnaseq.那哥特那离子那MetagenomeFeatures.那Quasr.那r453plus1toolbox.那rsvsim
建议我	生物相投那CSAR.那DBCHIP.那基因管理那凝皮膜那hicdatalymphoblast.那图片那p那repitools.那rnaseqtutorial.那RSAMTOOLS.那S4Vectors.那YeaStrnaseq.
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

包来源	shortread_1.32.1.tar.gz.
Windows二进制文件	shortread_1.32.1.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.9（mavericks）	shortread_1.32.1.tgz.
subversion源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/biocumon-mirror/shortread/tree/release-3.4
包短网址	http://biocidodder.org/packages/shortreread/
包裹下载报告	下载统计信息