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此软件包适用于生物导体的3.4版；对于稳定的最新版本，请参阅斯坦。

基因组态注释软件包

生物导体版本：3.4

使用隐藏的马尔可夫模型分割的基因组分割已成为注释基因组元素（例如启动子和增强子）的有用工具。Stan（基因组状态注释）使用各种不同的概率分布实现隐藏的Markov模型（HMMS），这些模型可以建模广泛的当前基因组数据（例如连续，离散，二进制）。斯坦·德诺（Stan de Novo）将基因组学习并注释为给定数量的“基因组状态”。例如，“基因组状态”可能反映了不同的基因组相关蛋白复合物（例如“转录状态”）或描述染色质特征的重复模式（称为“染色质状态”）。与其他工具不同，Stan还允许集成链特异性（例如RNA）和非链接特异性数据（例如芯片）。

作者：Benedikt Zacher，Julia Ertl，Julien Gagneur，Achim Tresch

维护者：benedikt Zacher

安装

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文档

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Browsevignettes（“ Stan”）

PDF	R脚本	基因组态注释软件包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，芯片奇普，，，，基因数，，，，HiddenMarkovModel，，，，微阵列，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录
版本	2.2.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（2。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	方法，poilog， 平行
进口	基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，生物基因，，，，GenomeInfodB，，，，GVIZ，，，，rsolnp
链接
建议	生物使用，，，，GPLOTS，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

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包源	stan_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	stan_2.2.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.9（Mavericks）	stan_2.2.0.tgz
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/stan/tree/release-3.4
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/stan/
软件包下载报告	下载统计