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此软件包适用于生物导体的3.4版；对于稳定的最新版本，请参阅Snphood。

SNPHOOD：使用NGS数据调查，量化和可视化SNP的表观基因组社区

生物导体版本：3.4

迄今为止，已经发现成千上万的单核苷酸多态性（SNP）与复杂的性状和疾病有关。但是，这些相关的SNP的绝大多数位于基因组的非编码部分，并且可能会影响调节元素，例如增强子和启动子，而不是蛋白质的功能。因此，要了解遗传性状和疾病的分子机制，研究SNP对附近分子性状（例如染色质环境或转录因子（TF）结合）的影响变得越来越重要。为了实现这一目标，我们开发了SNPhood，一种用户友好的 * Bioconductor * r软件包，以调查和可视化NGS数据的一组感兴趣SNP的本地邻域，例如染色质标记或转录因子结合位点，来自chip-seq或rna-SEQ实验。SNPHOOD包括一组易于使用的功能，用于提取，归一化和总结基因组区域的读取，执行各种数据质量检查，使用其他输入文件对读取计数进行标准化，并根据绑定模式群集和可视化区域。每个SNP周围的区域都可以以用户定义的方式进行汇总，以允许分析非常广泛的模式以及对特定结合形状的详细研究。此外，SNPhood支持与基因型信息的集成，以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后，可以使用SNPhood来确定，研究和可视化感兴趣的SNP周围的等位基因特异性结合模式。

作者：Christian Arnold [AUT，CRE]，Pooja Bhat [aut]，Judith Zaugg [aut]

维护者：克里斯蒂安·阿诺德（Christian Arnold）

安装

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文档

html	R脚本	介绍和方法论细节
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PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	软件
版本	1.4.1
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（1。5年）
执照	LGPL（> = 3）
要看	r（> = 3.2），基因组机，，，，rsamtools，，，，Data.Table，，，，检查员
进口	deseq2，，，，簇，，，，GGPLOT2，，，，格子，，，，GenomeInfodB，，，，生物比较，，，，变体，，，，生物基因，，，，iranges， 方法，总结性特征，，，，rcolorbrewer，，，，生物弦，grdevices，栅格，统计，网格，utils，图形，RESHAPE2，，，，秤，，，，S4VECTORS
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，snphooddata，，，，Corrplot，，，，普里尔
系统要求
增强
URL
BugReports	Christian.arnold@embl.de
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包源	snphood_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	snphood_1.4.1.zip
Mac OS X 10.9（Mavericks）	snphood_1.4.1.tgz
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/snphood/tree/release-3.4
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/snphood/
软件包下载报告	下载统计